Speaker: 王海鹏副教授，山东理工大学

Title: 离子覆盖率增强的多策略深度学习肽段从头测序

Language: Chinese

Time & Venue: 2025.10.31 14:00 思源楼813

Abstract: 肽段从头测序可直接由串联质谱图推断氨基酸序列，是鉴定非经典或突变肽段的重要手段，其精度高度依赖于碎片离子覆盖率。本报告以增强碎片离子覆盖率为切入点，基于深度学习技术，探索了三种提升测序精度的策略。GCNovo利用更多碎片离子类型（如内部离子），基于图卷积网络显式建模连续、同源及互补离子关系，在保持较少参数的情况下，实现九个物种数据集上肽段召回率和氨基酸召回率的显著提升。MirrorNovo利用镜像酶（如Trypsin和LysargiNase）酶切策略，在特征空间融合两张互补的镜像谱图，有效弥补单一酶切肽谱中常见的碎片离子缺失，在五个物种数据集上实现肽段召回率的显著提升。MultiNovo通过融合多种碎裂方式的谱图，在统一框架下实现单谱和多谱的高精度从头测序，缓解了当前深度学习模型适用数据类型单一的问题，并具备利用特征离子区分亮氨酸（Leu）和异亮氨酸（Ile）的潜力。上述策略有望提升从头测序在多种应用场景下的准确性与适用性，并为深度学习测序模型的发展提供参考。