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(李雷)基因组拼接的新方法—BAUM
2019-02-19 | 编辑:

  高质量的基因组是进化与遗传研究、精准医疗的基石。基因组拼接是以高通量测序技术为基础的核心计算生物学问题。中国科学院数学与系统科学研究院李雷研究团队将计算数学中的迭代、逐步逼近方法用于基因组拼接,研发了新方法BAUM。BAUM拼接方法的核心是以不同的准则反复映射序列,这可以通过该研究团队原创的SEME映射算法实现。BAUM通过调整映射唯一性准则,量化基因组中由重复序列导致的不确定性。该方法被成功地运用到了高原鼢鼠、鼠兔等基因组的拼接。由于采用逐步逼近方法,BAUM可以成为整合不同测序平台数据的工具。 

  该成果发表于《生物信息学》期刊。  

  

  工具链接: 

  http://www.zhanyuwang.xin/wordpress/index.php/2017/07/21/baum  

  原文信息: 

  Wang A, Wang Z, Li Z, Li LM. BAUM: improving genome assembly by adaptive unique mapping and local overlap-layout-consensus approach. Bioinformatics 2018;34:201928. PMID: 29346504  

  原文链接:  

  https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/34/12/2019/4810438  

  

 
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