长期以来，数学与系统科学研究院荟萃了我国一大批著名数学家和系统科学家，在面向国际科学前沿、面向国家战略需求中，取得了一批重大原创成果，形成了若干根植于中国大地的新的学科方向，解决了一些国家战略需求中的重大数学问题，为我国数学和系统科学发展、国防建设和经济建设做出了重要贡献。

成立至今，研究院共获得各种奖励500余项，其中包括：