数学与系统科学研究院是中国科学院的一个博士生重点培养基地。所属的四个研究所是我国最早被批准具有硕士、博士学位授予权的单位之一。 

　　数学与系统科学研究院拥有6个一级学科培养点：数学、系统科学、统计学、计算机科学、管理科学与工程、应用经济学。每年硕士研究生的招生规模120人左右，博士研究生（含直博生）招生总计110余人。主要招生方向有基础数学、计算数学、概率论与数理统计、应用数学、运筹学与控制论、系统理论、系统分析与集成、统计学、计算机软件与理论、计算机应用技术、管理科学与工程、管理运筹学、经济计算与模拟、数量经济学、企业管理、应用统计等。